Человек строится или реконструируется на своем земельном участке, предназначенным специально для этих целей, и вы не разрешительная и не контролирующая организация которая может ему указывать на нормы, которые по разному применяются в разных конкретных случаях. Вы можете только полюбовно договориться.
Если сосед нарушил какой то параграф одного из многочисленных СНиПов, то это не значит что его строение незаконно. Вы должны собрать все доказательства, и доказать их в суде, смысл которых сводится к одному, что строение соседа мешает вам в полной мере пользоваться своим земельным участком по назначению.
И то что у вас районе межи есть ветхое нежилое подвальное помещение, и вы опасаетесь за его сохранность, не дает вам права требовать запрета такого строительства. Возможно, что в суде вам по результатам экспертизы предложат заключить мировое соглашение, и не факт что решение суда будет в вашу пользу.